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我也沒有什么好的方法，我說說我的做法，感覺樓主也已經(jīng)試過。

1. PhpStorm ，點擊方法，按快捷鍵 ALT + F7 或 CTRL + ALT +SHIFT +F7 查找所有使用。參數(shù)變量按 F4 或 CTRL + 鼠標(biāo)左鍵 查找來源。（這種查找其實還有很多引用沒有辦法找到），如循環(huán)某個對象集合中調(diào)用這個對象的方法

2. 如果是動態(tài)方法，如 function test() 全局搜索 ->test( 和 ->test (

3. 如果是靜態(tài)方法，如 static function test() 全局搜索 Class::test( 和 Class::test (

通過上面三種步驟，還是可能遺漏，如動態(tài)參數(shù)調(diào)用，所以還要兼顧搜索一下方法字符串 'test'

$func = 'test';
$ojb->$func();

PHPStorm

phpStorm 但ajax你就沒法判斷了

如果是查看運行調(diào)用情況參數(shù)傳遞及值的變化，可以使用php debug工具，推薦kint
如果是想知道哪些文件可能會調(diào)用，可以用sublime 的在文件夾中查找
以上推薦的工具都是很輕很小的。