例えば、thinkPHPではフレームワークファイル(thinkディレクトリ)とアプリケーションファイル(appディレクトリ)が分かれているのですが、なぜlaravelとyiiが混在していると將來のメンテナンスやアップグレードが面倒ではないでしょうか?
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Laravelは依存関係ツールcomposerで管理されているフレームワークファイルを使用することができます。composerの具體的な使用方法を確認することをお勧めします。
Laravel は、composer を通じてインストールおよび管理されます。git をベンダーディレクトリに置かないでください。